Major dans l'US Air Force ainsi qu'un talentueux pilote, John Sheppard
est le commandant de l'équipe de reconnaissance principale de la base
d'Atlantis. Il voyagea jusqu'à la galaxie de Pégase avec l'expédition
Atlantis sous le commandement du Dr Elizabeth Weir et devint l'officier
militaire supérieur lors de la mort du Colonel Marshall Sumner aux
mains des Wraiths. Il dirige l'équipe de reconnaissance principale lors
de l'exploration de planètes extraterrestres par la Porte des Étoiles.
Sheppard était assigné à la base McMurdo, probablement à cause de son
mauvais dossier, et aimait bien la quiétude régnant en Antarctique. On
lui ordonna de transporter le Général Jack O'neill jusqu'à l'avant
poste des Anciens pour évaluer les progressions faites par l'équipe de
recherche. Il y découvrit qu'il possède le rare gène qui permet
d'interagir avec les technologies des Anciens, et que contrairement à
la plupart des gens, son utilisation lui est très intuitive. Weir
supplia O'neill de permettre à Sheppard de faire partit de l'expédition
Atlantis, malgré son dossier terni par le fait qu'il avait désobéi aux
ordres pour secourir deux camarades en Afghanistan.
Une fois arrive dans la galaxie de Pégase, Sheppard fut envoyé en
mission sur la planète Athos dans l'espoir de récupérer des ZPM pour
alimenter la cité d'Atlantis qui était submergée. Il rencontre Teyla
Emmagan, la chef des Athosiens, et ils eurent immédiatement de bonne
relation. Il découvrit l'existence des Wraiths, qui avaient autrefois
vaincus les Anciens, et assista à un attaque des Wraiths qui eut comme
résultat l'enlèvement de Teyla et Sumner, son officier supérieur.
Sheppard retourna sur Atlantis avec les Athosiens ayant survécus à
l'attaque et organisa une périlleuse mission de secours. La mission
réussie, mais Sheppard fut responsable pour le réveil de tous les
Wraiths lorsqu'il tua la Gardienne Wraith.
Sheppard aime bien les manèges, le football collégial et « n'importe
quoi qui se déplace à plus de 200 milles à l'heure ». Il est gentil et
généreux et il n'a pas peur de dire ce qu'il pense, surtout lorsque
cela est dans le meilleur intérêt des membres de son équipe.